Так, как я понял, вы сделали:
1.<link rel="shortcut icon" href="/images/favicon.ico" type="image/x-icon">
2. В папку images в корне закачали favicon.ico
3. Поменяли тут:
/templates/protostar/favicon.ico
/administrator/templates/isis/favicon.ico
Значит всё верно и фавикон в браузере будет сразу работать, в зависимости от кеша браузера.
И про ваш любимый Яндекс, цитирую вырезку:
"Иногда фавикон может пропасть во время системных обновлений Яндекс. Дождитесь переиндексации вашего сайта и проверьте появился ли фавикон в выдаче.
Более того, фавикон может не отображаться, если в топе поиска ваш сайт находится далее 100 позиции.
Индексация фавикона Яндексом и его выдача в результатах поиска может занять несколько месяцев. "
Так что не паникуйте с утра новыми постами!