Модуль вывода популярных материалов - Joomla 3.x: Общие вопросы

Модуль клонируйте под своим именем.
В хелпере:
Получите id статьи с проверкой, что это com_content

Код

$model->setState('filter.article_id', $id);
$model->setState('filter.article_id.include', false);

Для текущего материала $id определили?

Да, в шаблоне есть строка $article_id =

//$app = JFactory::getApplication(); //это уже есть в хелпере
$option = $app->input->getCmd('option', '');
$view = $app->input->getCmd('view', '');
if( $option == 'com_content' && $view == 'article' )
{
    $id = $app->input->getInt('id', 0);
    $model->setState('filter.article_id', $id);
    $model->setState('filter.article_id.include', false);
}

как вариант если не клонировать, то на уровне шаблона переопределением и исключением

Это проще. Но, если совпадет популярная с текущей, будет на 1 ссылку меньше. Не критично, но не правильно.