Удалены файлы с сайта 1.error.php и 1.joomla_update.php - Безопасность сайтов на Joomla

Ну это явно не файлы Joomla или сторонних расширений.
Ищите вирус, шелл. В папку /images , / logs, /cache, /tmp положите файл .htaccess с запретом на выполнение скриптов php

Ну это явно не файлы Joomla или сторонних расширений.

а что в файлах, если вынуть их к примеру с бекапа? Не факт, что взломали. Похоже кто-то удалил старые логи.

Все таки содержимое бы глянуть

Немного отличается. Я применяю такой код

<IfModule php5_module>
    php_flag engine 0
</IfModule>

RemoveHandler .phtml .php .php3 .php4 .php5 .php6 .phps .cgi .exe .pl .asp .aspx .shtml .shtm .fcgi .fpl .jsp .htm .html .wml
AddType application/x-httpd-php-source .phtml .php .php3 .php4 .php5 .php6 .phps .cgi .exe .pl .asp .aspx .shtml .shtm .fcgi .fpl .jsp .htm .html .wml

AddDefaultCharset utf-8
AddCharset utf-8 *
<IfModule mod_charset.c>
CharsetSourceEnc utf-8
CharsetDefault utf-8
</IfModule>

Order Allow,Deny
Deny from all
<Files ~ "\.(bmp|woff|ttf|ico|svg|eot|css|csv|doc|gif|htm|html|jpg|cur|jpeg|js|pdf|png|ppt|psd|swf|tiff|txt|xls|woff2|BMP|CSS|CSV|DOC|GIF|HTM|HTML|CUR|JPG|JPEG|JS|PDF|PNG|PPT|PSD|SWF|TIFF|TXT|XLS|mp4)$">
Allow from all
</Files>

У меня вопрос к draff

Точно не запустится ничего

php_flag engine off

Вариант с белым списком от winstrool