Попробую ответить на свои же вопросы.
провел два дня в переписке со службой техподдержки.
На заданный вышеприведенный вопрос получил ответ:
"Данная проблема возникает из-за того, что на субдомене не хватает
оперативной памяти для работы CMS-системы. Для решения проблемы Вы можете
перенести сайт с субдомена в папку основного домена согласно второму способу
инструкции
http://help.hc.ru/entry/157/"
Т.е. я понял, что для субдоменов выделяемых ресурсов намного меньше чем у доменов и для создания отдельного сайта на субдомене под Joomla нужно сделать некий "финт". Сделать субдомен, создать на домене папку (напр. www/htdocs/newjoomla) и потом прописать в .htaccess на субомене :
RewriteEngine On
RewriteRule ^newjoomla/ - [last]
RewriteCond %{HTTP_HOST} (www.)?ваш_субдомен.ru [nocase]
RewriteRule (.*) newjoomla/$1 [last]
И тогда при вызове адреса субдомена будут попадать в папку на домене. Но практически у меня еще не получилось, все равно показывает то, что находит на субдомене. Может нужно было удалить все файлы (кроме .htaccess)?
На второй вопрос по поводу ошибок с "Lost connection to MySQL..." все решилось лучше, но все равно не без ручных действий. В общем, максимально удачно инсталляцию новых дополнений получается если распакованный инсталпакет забросить в папку /temp вашей Joomla и выбрать втрой способ инсталяции "Установить из папки". Скорее всего настройки MySQL тоже слегка подрезаны и при инсталяции путем загрузки пакета инсталяции не хватает времени на все отклики.
В общем общение со службой техподдержки было довольно конструктивно.