Могу пример привести: берем жумлу и любой шаблон...структура кода у меня и у дадя васи, у которого на сайте стоит такой же шаблон - одинаковая либо очень похожая, даже если внешне дизайн имеет другой цвет, шапку и т.д. К примеру путь к шапке будет разный, но структура адреса до шапки и название картинки шапки будет одинаковое, расположение модулей и т.д. будет тоже одинаковым. Есть у меня основание подозревать, что яндекс умеет сопоставлять схожесть в структуре кода в процентном отношении... соответственно накладывая свои коэффициенты и санкции...Вы сейчас скажете, что у жумлы всегда код схож, так как движок то он и есть жумла...но я говорю не о больших различиях, а о мизерных. В общем я не спорю, что не совсем это понимаю, но этот вывод пытался сделать, исходя из своих собственных наблюдениях и тестах...Может кто либо замечал подобное и скажет это более грамотно, так как я не програмер...
А по поводу ТИЦа - могу лишь опять же высказать свои точки зрения: Яса (yaca.yandex.ru) является отдельной конторой и по документам никакого отношения к поисковой системе яндекса не имеет, но на практике мы можем увидеть, что сайт, присутствующий в ясе каталоге, автоматом имеет приоритет в скорости индексации, в фильтре гс (ссылки с этих сайтов имеют больший вес), и пс яндекс более снисходительно относится к таким сайтам. Из этого я делаю вывод - что ТИц не показывает популярность сайта, он показывает отношение (или трастовость как вы сказали) пс к сайту. А доверие это складывается не от колличества посетителей, а от беков, внутряков, уникальности контента, живости сайта и нескольким другим моментам. Так же думаю, что теперь и от оптимизации сайта.
В общем все это философия, чем дальше пс яндекс парит всем мозг, тем больше я начинаю думать, что уже ничего не понимаю...