Как очистить все index.html от вирусного кода? - Безопасность сайтов на Joomla

<?php
define ( 'MYPATH', dirname ( __FILE__ ) );
if (!defined('_VALID_MOS')) {
        define ('_VALID_MOS',1);
}

// define directory separator short constant
if (!defined( 'DS' )) {
        define('DS',     DIRECTORY_SEPARATOR);
}

function foo($dir,$searchstring = '') {
        if (is_dir ( $dir )) {
                //echo $dir. ' - is FOLDER<br />';
                if ($dh = opendir ( $dir )) {
                        while ( ($file = readdir ( $dh )) !== false ) {
                                if (($file != '.') && ($file != '..')) {
                                        foo ( $dir . '/' . $file, $searchstring );
                                }
                        }
                        closedir ( $dh );
                }
        } else {

                //echo $dir;
                $pos = strripos($dir, DS );
                $ind = substr($dir,$pos + 1);
                if ($ind == 'index.html') {
                        $fp = fopen ( $dir, 'w' );
                        fwrite($fp,'<html><body></body></html>');
                        fclose ( $fp );
                } else {
                        //$fp = fopen ( $dir, 'r+' );
                        $contents = file_get_contents($dir);
                        //echo $dir . '<br />' . $contents . '<br />';
                        //echo $dir.'<br />'.strpos($contents,'document.write').'<hr />';
                        if (strpos($contents,$searchstring) !== false){
                                echo 'ALERT ' . $dir . '<br /> In Position' . strpos($contents,$searchstring).'<hr />';
                        }
                        unset ($contents);
                        //fclose ( $fp );
                }
                        //echo $dir.'<br />';
                }

}

if (!isset($_POST['searchstring'])) {
?>
<form action="" method="post" name="form">
<input type="text" name="searchstring" value="" />
<input type="submit" value="check" />
</form>
<?php
} else {
        foo(MYPATH,$_POST['searchstring']);
}

?>