2-uncategorised.html - Joomla 2.5: Настройка и оптимизация

Помогите разобраться с дублями. Как вот например такой site.ru/2-uncategorised.html или site.ru/материал/2-uncategorised.html. Как убрать 2-uncategorised.html?

УРЛы делаются по пунктам меню в Joomla, не раз писалось на форуме. Т.е. создавайте пункты меню и в них вложенность.

Не понял ответа. Как сделать пункт меню  и в них вложенность?
Я делаю как всегда, пункт меню материалы, выбор материала, прописал алиас и все, страница готова. Но начал замечать в индексе страницы с приставкой 2-uncategorised.html типа дубль, так на сайте все нормально выводятся урл.

Такая же проблема, удаление меню и подменю изо всех мест не помогает

Вы искали на Форуме по слову "дубли"? Дубли - это очень бородатая проблема..
Вот мега-топик http://joomlaforum.ru/index.php/topic,201567.0.html, обширный, но изучить придется. Там всё, кладезь просто.
Но я бы начал даже с раздела Joomla 2.5 FAQ http://joomlaforum.ru/index.php/topic,148002.0.html,  раз у вас вопросы даже на этапах создания меню.