Основная причина русских сборок - наличие руского языка в админке. С выходом версии 1.5 - такая необходимость пропадет, так как там можно менять язык административной панели. То есть русификация файла /language/russian.* пока решает вопрос русификации - частично.
Другая причина - создание разных измененных версий (отличных от оригинала) для решения разного рода задачь, например - удобство, исправление ошибок, скорость работы, сео-оптимизация и тп.
Выбор кодировок - от целей которые ставятся перед сайтом. Есть ряд расширений - которые лучше работают на utf8, хотя cp1251 - как по мне, более удобен в большинстве случаев, так как иногда русифицированные компоненты русифицируются с учетом именно cp1251, а не utf8.
Выбор зависит от ваших задачь...
Если вам нужны стабильные русские версии - это Joomla Lavra Edition, Joomla 10.0.13 RE, если удобство работы в админке - Joostina, елси SEO оптимизация и раскрутка сайта - SEO-joomla и так далее...