Мое решение, добавляем теги rel="prev" и rel="next" . Беремся с дублями страниц в (Joomla! 2.5.22) + Joomshoping (Version 3.16.1) по рекомендациям Google   
https://support.google.com/webmasters/answer/1663744?hl=ruВсе изменения сделаны в файле /httpdocs/libraries/joomla/html/pagination.php
(думаю правильней сделать его копию в папку с шаблоном /html/pagination.php  и он сам должен подгрузится, иначе при обновлении может слететь) 
Изменения между комментариями //Denis_S ..... //End Denis_S,  в комментариях думаю всё понятно.
пробуйте, проверяйте, отписывайтесь.
Ногами не пинать если где криво, я не программист)))
----------------------------
      if ($data->previous->base !== null)
      {
         $list['previous']['active'] = true;
         $list['previous']['data'] = ($itemOverride)? pagination_item_active($data->previous) : $this->_item_active($data->previous);         
//Denis_S    формируем rel=prev
                  $document =& JFactory::getDocument();
                  $link = $data->previous->link;
                  $document->addHeadLink(JURI::root().substr($link,1), 'prev', 'rel', '');
                   //End Denis_S    формируем rel=prev            }
      else
      {
         $list['previous']['active'] = false;
         $list['previous']['data'] = ($itemOverride)? pagination_item_inactive($data->previous) : $this->_item_inactive($data->previous);
      }
----------------------------
      if ($data->next->base !== null)
      {
         $list['next']['active'] = true;
         $list['next']['data'] = ($itemOverride)? pagination_item_active($data->next) : $this->_item_active($data->next);               
//Denis_S    формируем rel=next
                  $document =& JFactory::getDocument();
                  $link = $data->next->link;
                  $document->addHeadLink(JURI::root().substr($link,1), 'next', 'rel', '');
                   //End Denis_S    формируем rel=next                  }
      else
      {
         $list['next']['active'] = false;
         $list['next']['data'] = ($itemOverride)? pagination_item_inactive($data->next) : $this->_item_inactive($data->next);
      }
----------------------------
      if ($this->total > $this->limit)
      {         
//Denis_S   добавляем в Title (страница x из n)
            $document->setTitle($document->getTitle().'   | '.$this->getPagesCounter());
         //End Denis_S   добавляем в Title (страница x из n)         return ($listOverride)? pagination_list_render($list) : $this->_list_render($list);         
      }
      else
      {
         return '';
      }