Меняйте все пароли и логины, включая и логин администратора. Не сохраняйте пароли нигде, особенно в браузерах и в фтп-клиенте. Чистите свой комп и компы всех, причастных к сайту, от вирусов. Используйте Касперский, не жалейте денег на лицензию для всех, причастных к сайту, кто в админку ходит. Меня Каспер еще ни разу за шесть лет не подводил. Тьфу-тьфу-тьфу.
Заказываете и хостера бекап файлов сайта, текущее состояние, скачивайте на свой комп и проверяете архив Касперским, зараженные файлы меняете на сервере, не в бекапе, на чистые. Это или скачанная с офсайта версия вашей Joomla, или чистый шаблон и модули-плагины.
Можно еще поиск на сервере по *.php прогнать и поудалять все файлы со странными названиями, состоящими из набора букв и цифр, и находящиеся в неположенным им папках, к примеру в image или CSS. Хотя последнее очень далеко не факт, могут эти php находиться и среди других вполне себе необходимых для сайта php, без которых он навернется. Но, как правило, в Joomla системные файлы имеют вполне читаемое, хоть и усеченное, английское название. Так что английский тут худо-бедно знать не помешает.
Еще один вариант: восстановить сайт из чистого бекапа у хостера, удалив предварительно все файлы сайта. Но у меня это редко срабатывает. Сама не знаю почему.
Еще есть утилита AI Bolit. Мой хостер ее сам запускает, если попросить, и результат в папку с сайтом выкладывает. Она вполне читаема, там просто адреса подозрительных файлов.
Обновляйте все до последних версий.
Чистый бекап скачивайте себе на комп и храните на случай очередной заразы, когда можно будет его просто перезалить, предварительно удалив зараженный.
Если заказываете чистку на стороне, работу проверяйте, прогоняя архив через Касперский, а не по отсутствию явных признаков заражения.