Проблемы с индексацией в ПС при включенном sh404SEF - SEF (ЧПУ)

Всем привет, надеюсь поможете разобраться с проблемой.
Во время работы над сайтом мы сперва использовали стандартный SEF Url, сгенерировали сайтмап и отправили в Google и Яндекс. Затем (через буквально пару дней) решили перейти в спешном порядке на sh404SEF, снова обновили сайтмап и заново отправили в Панели Вебмастеров.
Проблема в том, что Google до сих пор сканирует страницы по дефолтным url, в результате все переходы пользователей ведут на 404. Проверяли сайтмапу новую, все ссылки там прописаны корректно, откуда тогда ПС черпает эти ссылки?
Я подозреваю sh404SEF, может он отправлять неверные url? При анализе конкретных страниц Google и Яндекс не жалуются, но в индекс почему-то пускают страницы по каким-то левым url.