Похоже, вы удалили что то, что было связано с работой сайта. Айболит ведь и ложные срабатывания выдает, это нужно учитывать. Второй момент - при взломе могут изменить логику работы. Поэтому порекомендовать могу две вещи: попробовать залить файлы движка поверх сайта и, если удастся войти в админку, попробуйте нажать кнопку исправления базы в менеджере расширений. Не выйдет - восстанавливайте более ранний бекап. И еще совет - не отделяйте файлы от базы, это чревато ошибками. К примеру база из одного бекапа, а файлы - из другого.
Ну или просто попробовать вставить колонку (Unknown column 'extra_query'...)
