Наличие файлов с разных этапов работы опять же не говорит о том, что их сделали вы. А может быть вы воспользовались доступом к серверу и раз в неделю делали снимки файлов? А может быть всем занимался дизайнер Вася и программист Петя, а вы в конторе работаете уборщиком (или администратором - не важно) и просто слили с сервера файлы.
Если хочется иметь какие-то подтверждения, то необходимо начинать с заключения договора, сдавать работу, подкрепляя сдачу актами приема-передачи, с приложенными к ним материалами, подтверждающими факт выполнения работы и т.д. Безусловно, описанный прием с отправкой файлов на диске заказным письмом имеет некий смысл, но больше как дополнение. Опираться именно на этот момент в судебных тяжбах будет непросто.
Да и пока нет договора и нет актов сдачи - нет никаких подтверждений о том, что вообще кто-то кому-то что-то должен. Какая именно должна была быть выполнена работа, в каком объеме, какие критерии приема работы и признания ее выполненной, какой порядок оплаты, какие сроки и т.д.
В общем эту тему уже неоднократно на форуме обсуждали. Хочется каких-то гарантий, какой-то уверенности - работайте официально, заключайте договора, платите налоги, возможно, содержите в штате юриста. Нет желания "заморачиваться" с этим всем - тогда принимайте какие-то меры (легальные) для обеспечения выполнения условий договоренностей - демонстрируйте работу на своем сервере, используйте всякие промежуточные (арбитражные) сервисы в процессе работы и т.д. Или рискуйте. Ведь работая в черную, фрилансеры конечно рискуют, но ведь и расходов у них на порядок меньше.
возможно. но от этого еще приятнее будет поднасрать уродам! 
Вы потеряете свое время, свои нервы и свои деньги, а взамен почти наверняка не добьетесь. Мне кажется, что лучше один раз, попав в такую ситуацию, сделать правильные выводы и не становиться повторно на грабли.