Отвечу сам себе
по поводу того, что в каталоге товаров при выборе другой валюты цена становилась нулем: методом отладки выяснил, что она превращается в 0 при округлении. Если в настройках Настройки - Настройки - Формирование цен в разделе окончательная цена поставить 0 вместо -1, цены появляются. Что за проблема с округлением, я не разбирался.
по поводу вывода цен в модулях лучших и популярных товаров. У меня используется модуль mod_news_show_sp2. После просмотра кода выяснилось, что там вообще нет конвертации валют и они всегда будут выводить цену в основной валюте. Поэтому открываем файл modules/mod_news_show_sp2/vmhelper.php и меняем строку (у меня она 50я)
$item->price = round($item->prices['salesPrice'],2). $currency->getSymbol();
на
$currency_id=$currency->getCurrencyForDisplay();
$item->price = $currency->roundForDisplay($item->prices['salesPrice'],$currency_id, 1, true, 0).$currency->getSymbol();
После этого все начинает работать нормально.
Может кому-то информация будет полезной.
То же самое происходит, но только в самом магазине...
Пробовал указать в настройках продавца нужную валюту, но тогда все цены в долларах просто показываются с заменой $ на грн, без пересчёта курса. Т.е. 3$=3грн
Добавлю скрины для наглядности:
Joomla 3.4.4 + VM 3.0.10
Все валюты, кроме 2-х нужных удалены:

Основная валюта выбрана гривны:

В товаре указана цена в долларах:

Однако что в гривнах она показывается 100грн.:

Что в долларах, 100 долларов:

Как исправить, что бы можно было цену указывать в долларах в админке, а на фронте показывалась цена в гривнах по-умолчанию?
Заранее спасибо за помощь.
Похоже это именно баг версии VM 3.0.10 + Joomla! 3.4.4. На Joomla! 2.5.28 VM 3.0.10 работает как надо...