Оптимальная конфигурация сервера (nginx+php-fpm VS nginx+apache+fcgi_proxy) - Хостинг для Joomla

В настоящее время одних обращений лишь к файлам манифеста больше тысячи за сутки.

1000 обращений в сутки и сервер падает?
это что за сервер такой?)

Горыныч, он может не падать но тормоза включать при единовременных подключениях на низком канале связи. Просто забивать его будут медленные обращения.

Приведение, если у меня лежит на сервере обычный XML файл, то хоть 1000 запросов в минуту не должны влиять никак на его работу

есть такие где и nginx лишний

php-apc для php 5.5 и ниже
opcache для php 5.6 и выше

query_cache_size= 128M
query_cache_limit=2M
query_cache_type=1

Да если вообще у вас проблема из-за XML...

Может бот какой-то приходит в это время и кладёт апач.

Код

Опять же что за сайты?

Один из них образовательный портал с регистрацией, личным кабинетом, сообщениями и пр.

Ну с таким комбайном ОЗУ и МГц железа надо рассматривать ровно по единовременной пиковой нагрузке, простая оптимизация и настройка серверной части это малый процент и он сильно не добавит счастья.

Вообще, если так подумать, то Joomla! без .htaccess - это нонсенс. Однако, судя по всему, от него нужно избавляться в первую очередь, когда речь заходит об оптимизации: неважно, Nginx это будет чистый или же Apache с отключённым AllowOverride.

You should avoid using .htaccess files completely if you have access to httpd main server config file. Using .htaccess files slows down your Apache http server. Any directive that you can include in a .htaccess file is better set in a Directory block, as it will have the same effect with better performance.

В установленной Joomla только в корне лежит .htaccess

php-apc для php 5.5 и ниже
opcache для php 5.6 и выше