Шаблон protostar - Joomla 3.x: Шаблоны, разметка и макеты вывода

https://getbootstrap.com/2.3.2/javascript.html#affix

CSS для модуля:

Код

position: fixed;
top: 0;

Если надо, чтоб фиксился при прокрутке (начиная с какого-то положения), то надо еще и JS подключать.

Это в модуле в дополнительных настройка прописать где суффикс таблицы класса?

.fixed-module {
    position: fixed;
    top: 0;
}

В модуле пропишите суффикс класса (первый символ - пробел, чтоб отдельный класс получился), например fixed-module.
Потом в css-файле (напр. custom.css) пропишите:

Код

.fixed-module {
    position: fixed;
    top: 0;
}

создав отдельный файл, прописав там ваши настройки, как же его увидит протостар, в шаблон никакие ссылки врезать не надо, обычно я в файл индекс пихаю всякие скрипты метрики и т.п.? Наверное в самом шаблоне есть файл стилей, если в нем прописать, то затерется после обновы?

$this->addStyleDeclaration("
.fixed-module {
    position: fixed;
    top: 0;
}
");

Можно в индексе шаблона, тогда вот так:
Но мне такой вариант не очень нравится, поэтому добавляю через файлы обычно.
Попробуйте рядом с файлами стилей шаблона создать файл custom.css и user.css - знающие люди говорят, что некоторые шаблоны их подхватывают и подключают автоматически (при наличии). И тогда затираться ничего не будет.