Алекс, извини, вник в проблему, скорей всего разобраться не получится, либо знаний не хватает либо я прав что это особенность стандартного SEF
Кстати и стандартный плагин точно также отрабатывает. Создал три непривязанных материала, на каждый повесил ссылку в меню static1.html static2.html static2.html
При входе в static2.html ссылки "назад\вперед" имеют вид static2/55-staticitem3.html и static2/53-staticitem1.html соответственно, как в моем плагине, так и в стандартном.
В принципе логика плагина навигации не подразумевает работу с непривязанными материалами, а только в режиме блога статей перемещаться, тогда они работают правильно. В твоем же случае плагин не знает что следующий материал уже находится в другом пункте меню.
Скорей всего придется просто отключать навигацию для пунктов меню, что ведут на оконечный материал