У меня была схожая ситуация. Шаблоны перестали отображаться в менеджере шаблонов как только выложил все на хостинг.
версия Joomla LE 1.0.15Проверил права на доступ к папкам шаблонов - там все ок. Короче, оказалась, что проблема с XML, хотя у хостинга с поддержкой XML все было в порядке.
Вышел из ситуации так (как говорится методом "тыка"):
1.открыл файл administrator\components\com_templates\admin.templates.php
2.нашел там строку с функцией loadXML -
if (!$xmlDoc->loadXML( $dirName . $xmlfile, false, true )) {
3.подправил ее параметры так -
if (!$xmlDoc->loadXML( $dirName . $xmlfile, true, true )) {
после этого шаблоны стали отображаться.
Вообщем теперь XML-файл шаблонов анализируется другим способом и все работает.