возможно я с запозданием, но мое решение вопроса было такое.
Заказчику потребовалось ввести новые способы доставки (соответственно указать в них цену) и по факту повесить доставку на сайте. (до этого доставка не предусматривалась).
Я проделал следующие шаги:
В разделе JoomShopping - ОПЦИИ есть два пункта: 1. Способы доставки 2. Цены на доставку. Их я заполнил.
1. По рекомендации уважаемого nevigen - проверил, что бы способы оплаты были выделены в способах доставки.
2. Далее предусмотрел - в какие страны доставляется товар.
Когда это все было проверенно - включил опцию доставки - и она появилась на сайте. Но в шаге 4, когда требовалось выбрать способ доставки - при нажатии на кнопку "Далее" ничего не происходило.
Как решил задачу: Зашел в настройки - раздел "Заказ". Нашел там строку "Страна по умолчанию" - и выбрал ту, что была мне необходима. Поскольку страны я по факту сделал не активными, доставка ведется в конкретные регионы, то в место стран поставил те самые регионы, сделал их активными, но не привязал по вышеуказанной схеме.
После того как дефолтная страна была указана - все заработало.
----------------------------------------
Но у меня так же есть вопрос. Теперь при выборе способов доставки у меня отображаются все пункты "способов", за исключением того, что каждый пункт у меня содержит несколько цен.

Например доставка в Москву в ночное время - такая то цена, доставка в дневное время - другая.

По факту в способе доставки при оформлении товара магазин показывает только 1 цену. Выбором радиоботтон без доп.цен на разницу во времени доставки.

Может кто подсказать как активировать опцию, при которой выбирая способ доставки я могу еще и выбрать регион доставки (с соответствующей ему ценой)?