Попробуйте вот такой robots:
User-agent: *
Disallow: /administrator/
Disallow: /cache/
Disallow: /cli/
Disallow: /components/
Allow: /images/
Allow: /foto/
Disallow: /includes/
Disallow: /language/
Disallow: /libraries/
Disallow: /logs/
Disallow: /media/
Disallow: /modules/
Disallow: /plugins/
Disallow: /templates/
Disallow: /tmp/
Disallow: /*user
Disallow: /component
Disallow: /*product
Disallow: /*category
Disallow: /*cart
Disallow: /*search
Disallow: /*wishlist
Disallow: /*?tmpl
User-Agent: Yandex
Disallow: /administrator/
Disallow: /cache/
Disallow: /cli/
Disallow: /components/
Allow: /images/
Allow: /foto/
Disallow: /includes/
Disallow: /language/
Disallow: /libraries/
Disallow: /logs/
Disallow: /media/
Disallow: /modules/
Disallow: /plugins/
Disallow: /templates/
Disallow: /tmp/
Disallow: /*user
Disallow: /component
Disallow: /*product
Disallow: /*category
Disallow: /*cart
Disallow: /*search
Disallow: /*wishlist
Disallow: /*?tmpl
Sitemap: http://site.ru/sitemap.xml
Host: site.ru
Он оптимален для JoomShopping
И сделайте SEF страницы
Ну это Вы просто выдернули текст файла из другой ветки. Если Вы заметили, то у меня с небольшими дополнениями:
Disallow: /index.php?option=com_users&view=registration # Запрещаем к индексации регистрацию пользователей
Disallow: /index.php?option=com_jshopping&controller=user&task=register #Запрещаем к индексации регистрацию пользователей
Disallow: /index.php?option=com_users&view=reset #Запрещаем к индексации восстановление пароля
Disallow: /index.php?option=com_users&view=remind #Запрещаем к индексации восстановление пароля
Disallow: /index.php?option=com_jshopping&controller=cart* #Закрываем к индексации корзину товара основного каталога
Disallow: /index.php?option=com_jshopping&controller=search* #Закрываем к индексации поиск по товарам
Clean-param: manufacturer_id&label_id&vendor_id&page&Itemid /index.php #сводим страницы к единому виду
Основное, конечно, в Вашем варианте закрыто, но мне важен Clean-param.
Файл сайтмапа в Яндексе указан, сайт переадресует постоянно на главное зеркало. Проверяю ссылки из файла сайтмапа, все они должны нормально проходить индексацию.
SEF - это ЧПУ? Не считаю нужным переходить на эти ссылки. У меня ссылки по сайту сделаны правильно и нет дубляжей, а на ЧПУ, так тут что не тема, так про корявые ссылки с этим чпу. Хотя может для яндекса лучше ЧПУ? Может кто подсказать? Или ему пофигу как выглядят ссылки на страницы?
Еще попробуйте плагин canonical links: http://www.webdesigner-profi.de/joomla-webdesign/joomla-shop/downloads/plugins.html
Product canonical (JoomShopping 3.0.0 or higher)
Что-то я не понял, что это за плагин. По-подробнее можно?