[Решено] Что это было? Проблема после обновления до 3.5.1. Сайт перестал работать, а потом заработал

Хотел сначала написать спасите, помогите! ! Но в процессе написания этого сообщения сайт заработал.

php 5.6.20, nginx 1.9.3, MySQL 5.7.11, Joomla 3.5.0, K2 2.7.0,
Большой массив материалов в Joomla ~70000 документов и в k2 ~ 400 мб.
Честно сказать 3.5. тоже вставала с трудом.
В
У меня стоит Akeeba Backup, перед обновлением делает резервную копию, но восстанавливать нужно каким-то отдельным скриптом.
Пришло сегодня обновление 3.5.1 - решил поставить. Akeeba сделал бэкап, пошло обновление Joomla до 3.5.1, индикатор дошел до 89,9% и потом пауза - 404 ошибка nginx. В урле последнее было ...finalise (или что-то подобное)
Посмотрел в /administrator/index.php?option=com_installer&view=database

    Таблица 'if76j_menu' не содержит индекса 'idx_client_id_parent_id_alias_language'. (из файла 2.5.0-2011-12-24.sql.)
    Таблица 'if76j_redirect_links' не содержит индекса 'idx_old_url'. (из файла 3.5.0-2016-03-01.sql.)
    Основные таблицы базы данных Joomla! еще не были преобразованы в UTF-8 Multibyte (utf8mb4). (эта запись осталась с обновления 3.5.0)

Админка грузится, сайт нет - 404 ошибка nginx в логе

2016/04/06 08:52:21 [error] 1078#1078: *72939 upstream timed out (110: Connection timed out) while reading response header from upstream, client: 162.158.88.32, server: 192.168.1.6, request
"POST /administrator/index.php?option=com_installer&view=database HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://unix:/var/run/php-fpm.socket", host: "domain.ru", referrer: "http://recipe.ru/adminis
trator/index.php?option=com_installer&view=database"                                                                                                                                      


Почистил кэш, включал/выключал сайт в оффлайн.
Потом появилось

    Версия схемы базы данных (из #__schemas): 3.5.1-2016-03-29.
    Версия обновления (из #__extensions): 3.5.1.
    Драйвер БД: mysqli.
    94 изменений базы данных были успешно проверены.
    145 изменений базы данных не изменили структуру таблиц и были пропущены.

И сайт заработал.
Может процесс обновления шел в фоне и затянулся из-за большого объема БД ?

У Akeeba в настройках выберите формат zip и больше доп скрипт распаковки не нужен будет.

А по теме так и есть nginx не дождался выполнения скрипта, а он доработал в фоне.

Nginx - ошибка upstream timed out (110: Connection timed out) while reading response header from upstream, client

У меня нет apache

Тогда fastcgi_read_timeout. Блин, ну погуглите, полно же решений. Joomla тут не причём.

А я понял про что автор тут про Akeeba Backup написал. Теперь Akeeba Backup принудительно делает резервную копию перед обновлением Joomla и как это отключить я даже найти не могу.

И постоянно у него открывается окно:

Как мне восстановить сайт из резервной копии?
It's easy! You can watch our video tutorial.
If you want to restore to a new, public server you can use the Site Transfer Wizard.

А я понял про что автор тут про Akeeba Backup написал. Теперь Akeeba Backup принудительно делает резервную копию перед обновлением Joomla и как это отключить я даже найти не могу.

Отключить плагин "System - Backup on update"

Всем спасибо! Поставил таймауты и бэкапами теперь ясно.

Отключить плагин "System - Backup on update"

Спасибо, точно, искал по слову Akeeba, а там просто Backup!