Хотел сначала написать спасите, помогите!

! Но в процессе написания этого сообщения сайт заработал.
php 5.6.20, nginx 1.9.3, MySQL 5.7.11, Joomla 3.5.0, K2 2.7.0,
Большой массив материалов в Joomla ~70000 документов и в k2 ~ 400 мб.
Честно сказать 3.5. тоже вставала с трудом.
В
У меня стоит Akeeba Backup, перед обновлением делает резервную копию, но восстанавливать нужно каким-то отдельным скриптом.
Пришло сегодня обновление 3.5.1 - решил поставить. Akeeba сделал бэкап, пошло обновление Joomla до 3.5.1, индикатор дошел до 89,9% и потом пауза - 404 ошибка nginx. В урле последнее было ...finalise (или что-то подобное)
Посмотрел в /administrator/index.php?option=com_installer&view=database
Таблица 'if76j_menu' не содержит индекса 'idx_client_id_parent_id_alias_language'. (из файла 2.5.0-2011-12-24.sql.)
Таблица 'if76j_redirect_links' не содержит индекса 'idx_old_url'. (из файла 3.5.0-2016-03-01.sql.)
Основные таблицы базы данных Joomla! еще не были преобразованы в UTF-8 Multibyte (utf8mb4). (эта запись осталась с обновления 3.5.0)
Админка грузится, сайт нет - 404 ошибка nginx в логе
2016/04/06 08:52:21 [error] 1078#1078: *72939 upstream timed out (110: Connection timed out) while reading response header from upstream, client: 162.158.88.32, server: 192.168.1.6, request
"POST /administrator/index.php?option=com_installer&view=database HTTP/1.1", upstream: "fastcgi://unix:/var/run/php-fpm.socket", host: "domain.ru", referrer: "
http://recipe.ru/administrator/index.php?option=com_installer&view=database"
Почистил кэш, включал/выключал сайт в оффлайн.
Потом появилось
Версия схемы базы данных (из #__schemas): 3.5.1-2016-03-29.
Версия обновления (из #__extensions): 3.5.1.
Драйвер БД: mysqli.
94 изменений базы данных были успешно проверены.
145 изменений базы данных не изменили структуру таблиц и были пропущены.
И сайт заработал.
Может процесс обновления шел в фоне и затянулся из-за большого объема БД ?