Как вызвать функцию по клику?

И вопрос ваш в чём?

ШТМЛ

jQuery(function($){
  $('.close-link').on('click', ОБРАБОТЧИК);
});

HTML, эйч-ти-эм-эль

Функция, о которой вы говорите, подвешена в качестве обработчика на определённое событие. Это можно сделать не только в ШТМЛ посредством аттрибута onclick (этот вариант считается "грязным" кодингом), но также в JavaScript, встроенном или внешнем скрипте, например:

Код

jQuery(function($){
  $('.close-link').on('click', ОБРАБОТЧИК);
});

P.S. Жирным шрифтом не злоупотребляйте. Ваши выделения никак не влияют на содержание Вашего вопроса и способность окружающих его понять.

Приведите ваш HTML-код: без него нечего вам подсказать.

Все работает же: https://jsfiddle.net/n_robert/weL0o3Lg/. Но зачем так много лишнего, если хотите лишь сворачивать/разворачивать элемент?

• Mootools
• Jquery
• Bootstrap

Все работает же: https://jsfiddle.net/n_robert/weL0o3Lg/. Но зачем так много лишнего, если хотите лишь сворачивать/разворачивать элемент?

Создаю сайт на базовом шаблоне Joomla 3.4.6 Протостар + Bootstrap 3 - может это какой то баг этого шаблона или конфликт бутстрапа?

зачем лепить какие-то скрипты если это есть в Bootstrap?
http://getbootstrap.com/javascript/#collapse

Все работает же: https://jsfiddle.net/n_robert/weL0o3Lg/. Но зачем так много лишнего, если хотите лишь сворачивать/разворачивать элемент?

После нажатия на рун пример перестаёт работать.

Не перестает. Не знаю, на что вы там нажимали.
Убрал лишний код. И еще пример, чтобы вы поняли, как все работает.