Отключить загрузку лишних блоков в мобильной версии - Joomla 3.x: Шаблоны, разметка и макеты вывода

используйте mobile detect

Правильно ли я понял

подключить его вначале index.php

Почти правильно (если не хотите пользоваться встроенным классом).надо также по условию.
Проверка наличия данных клиента в куках, если нет - подключаете класс, результат его работы сохраняете.
Грузить этот класс на каждую загрузку страницы (и каждое посещение сайта) не надо, девайс "вдруг" не изменится.

Код: php

<?php if($this->countModules('footer')) : ?>
<div id="foother">
    <?php if ( !$detect->isMobile() ) { ?>
        <jdoc:include type="modules" name="footer" style="xhtml" />
    <?php } ?>
</div>
<?php endif; ?>

if ( !($detect->isMobile()) ) {}