При попытке избавиться от вирусов слетела Joomla - Безопасность сайтов на Joomla

Я сделала для друзей сайт на Joomla 1.5.9. Передала его владельцам и очень долго на него не заходила. Но потом мне сказали, что сайт перестал работать.
Корректно работала только главная страница. Все остальные страницы сайта были отображены некорректно, как-будто без шаблона. Админка тоже отображалась некорректно.
Я обновила Joomla до 1.5.26. Это не помогло. Начала смотреть и спрашивать на форумах, сказали - вирус. Он закодирован в основном в файлах .рнр таким образом: base_decode. Я порылась и действительно нашла такой код в файле шаблона в папке CSS. С помощью декодера расшифровала. Там были зашиты какие-то непонятные ссылки. При попытке комментировать или удалять эти строки, все ломается еще больше.
Потом одним скриптом, который посоветовали на одном из сайтов, я сканировала сайт с целью найти еще зараженные файлы, а другим скриптом с целью "замены" этих вредоносных строк. Но после этих действий Joomla слетела полностью.
Что теперь делать и с чего начать?
Удалить все папки с ftp и устанавливать Joomla заново?
Можно ли установить Joomla более новой версии, например 2.5, будет ли она работать с тем шаблоном, который был?
Шаблон у меня сохранен уже с вирусом, что делать? Есть ли какие-то иные способы его (вирус) удалить?

Joomla 2.5 не будет работать с тем шаблоном, если его не переделать. Восстановить бекап и чистить по новой. Если сайт небольшой, т на локалхосте (у себя на пк). Если сайт небольшой, то проще сделать новый на Joomla 2.5 и прописать редиректы, чтобы не терять позиции.

Если копии работы нет, то делайте по новой.

Работал на подобной Joomla 1.5.9, по восстановлению.
Так в файлах был прописан "вирус" base64_decode и файлы были испорчены.Нужно было заново обновлять файлы сторонних расширений.

Спасибо всем за ответы. Делаю вывод, что надо все делать заново.
Я делала копию сайта на компьютере, не знаю, можно ли назвать это бэкапом. Я просто скопировала все папки с ftp на комп. Наверное еще надо было как-то базу сохранить...
Вобщем, я пробовала перезаписать испорченыые папки, но никакого результата не вышло