Потом сайт пропадает из поиска Google и выясняется что вместо 140 страниц проиндексировано более 700, причем их на сайте нет.
Все страницы имеют адрес /caches/, которые выдают ошибку 404, и я в robots эту категорию закрыла
Это характерны показатель дорвея, скорее всего расчитанный под ПС, посмотрите как в Google сохранены эти страници и попробуйте сами зайти на эти страници от Google бота, сменив юзер агент на Google бота, щас еще в последнее время очень развит клоакинг IP, это то что выдается сугубо бот IP ботов, даже если смените юзер агент может не помочь, возможно также реакция именно на рефера ПС, т.е если вы перешли с ПС то отоброзится, иначе нет...
Потом обнаружила что на сайте появился новый админ, причем заблокированный(?), его удалила все пароли поменяла, даже адрес входа в админку сменила.
это конечно щас самый палевный способ так закрепляться, есть техники где вы вообще можите быть обычным юзером в системе с функционалом админа.
Сайт проверяли на наличие вирусов - все чисто, провайдер тоже говорит что все хорошо.
Вроде проблема решена, но через неделю Google индесирует уже 900 страниц, но Google вебмастер не показывает что есть ошибки.
Вопрос? чем проверяли? Лечение сайтов, это комплексный подход, тут не надо зацикливаться только на одних АВ и ai-bolite, тут нужно аналезировать все комплексно, ctime, mtime, поиск по регуляркам, как пример [0-9a-zA-Z/]{80} - где 80 можно сделать в разы меньше, анализ самого хостера, кстате какой хостер? и многое чего другого...
Совершенно не понятно зачем это было сделано, в чем суть? ведь все новые страницы не открываются
и что делать? может на сайте этот новый "админ" установил какой-то код и как его найти?
помогите пожалуйста 
Да все тут прекрасно понятно, не сможите справится самостоятельно оброщайтесь, есть темка с отзывами
http://joomlaforum.ru/index.php/topic,256295.0.htmlP.S: Лечение сайтов - это целое искусство понимание вещей, того как это все устроено и с чем это едят!