Баннер показывается в двух местах - Модули и плагины

Создаем баннер стандартным компонентом.
Далее все как обычно. В модуле баннера ставится позиция где он должен быть (баннер).
Получаем баннер там где надо и в самом низу дополнительно. В моем шаблоне эта поз. bottom1.
То есть даже если не создавать модуль Баннер в  менеджере модулей баннер показывается и как раз внизу.
Как сделать так, чтобы он показывался там где надо?

ну прям полтергейст )
так посмотри, что за модули у тебя опубликованы в нижней позиции.
и отключи их

добавь параметр к урлу странички ?tp=1, посмотри какая позиция, пошерсти по модулям с этой позицией