Чистка сайта - Безопасность сайтов на Joomla

Вопрос может показаться глупым, но уважаемые Гуру, все-таки хотел поинтересоваться как? и по возможности, поделиться Вас своим опытом.
Думаю, что эта информация станет очень ценной и полезной для многих.

Проблема: работа сайта требует его усовершенствования – то добавить что-то новое, то изменить/заменить некоторые его функции. В итоге этого всего накапливаются «старые», не нужные хвосты.
Нельзя исключать и попытки взлома сайта – ведь от этого так же остаются прорехи.

Вопрос: как более рационально провести очистку сайта от этого мусора?   

для начала удалить все не используемые расширения, потом в бд проверить в строке _extension

раз начал эту тему, мне ее и продолжать 
то что сначала удалить не используемые модули/плагины и проверить потом БД - это верно!

но хотел бы у Вас спросить вот о чем. Сложилась такая ситуация, что сейчас занимаюсь поиском ШЕЛов (и не только) на сайте. Использовал разные утилиты (в большинстве, что рекомендовали тут же на форуме).
В ответ на мой результат поисков и удаление файлов/кодов, Хостер выложил файл с информацией, какие еще остались. Так вот, якобы в корне сайта находится файл 405, но я его не вижу не по ФТПИ, ни через Панель Хостинга. Как мне его определить, найти?
И еще, БД, я так понимаю, вряд ли может содержать этот файл, но может ли она содержать эти "плохие" строки кодов? Если все таки и БД тоже нужно проверять на вирус, как это делается в мире? (сорри, но ткните пальцем)
P.S. - сильно не бейте, плисс 
Спасибо заранее

Если файлов не видно, то они скрыты. Установите через панель управления показ скрытых файлов. Обычно подобные файлы идут с точкой. Попросите у хостера ссылку на данный файл.

ссылка мне известна - www.sait/405.php но вот только я его не нахожу по этому адресу. Браузер выдает 404 ошибку, а в Тотале устанавливаю отображение скрытых файлов - и все равно не вижу такого файла

а в Тотале устанавливаю отображение скрытых файлов - и все равно не вижу такого файла

FileZilla в помощь

Задайте вопрос хостеру, попросите его снести.

FileZilla в помощь

- не помогла, принудительное отображение - включено

Задайте вопрос хостеру, попросите его снести.

- это пожалуй единственное, что остается

Задайте вопрос хостеру, попросите его снести.

И снова о наших "баранах". Попросил хостера удалить файлы, которые я не вижу и вот в ответ получил письмо - что работа Хостинга может быть восстановлена (сейчас заблокирована возможность отправки почты с сайта) после того, как будут удалены файлы - И снова Он мне указал на них. Посмотрел еще раз файлы (которые чистил) - код не появился!
Теперь, что мне делать далее, не знаю.
Может посоветует шо то, уважаемые!

-------------------
Отвечаю сам - Хорошо бы иметь под рукой иметь Мануал, в котором можно посмотреть особенности работы Хостинга, а именно какие еще папки Хоста связаны с сайтом. Покопался в настройках и выяснил, что файлы, которые я не видел подгружаются совсем с другой папки и что самое подозрительно - в этой папке только эти файлы.

Ну так нужно смотреть все папки, а не только те, что закидываете сами. В файлах htaccess можно прописывать различные условия работы сайта файлами с расширением ini можно задавать работу сервера и не обязательно эти файлы должны лежать в корне. Они могут быть и в других папках, например cgi-glob

это верно! Если интуиция и говорит, да как они с этой папки могут подгружаться? Нужно к ней прислушаться и проверить все папки