Оно заметно...
Вы точно не знаете, сколько у вас сайтов? Простите за сарказм 
Если бы относились бдительно, давно бы пользовались последней версией, к которой хоть патчи выпускают, 2.5 давно в лету канула, еще 2 года назад.
Вы не удалили то, что нужно. Айболит не панацея и не видит внедренный шелл. Да и что бы найти его, нужно иметь глубокие знания PHP. Он может быть где угодно, хоть в ядре, хоть в шаблоне, хоть в файле картинки. И обновление зараженного сайта, как правило, эффекта никакого не имеет.
Чет мне как-то не понятен такой вот тон беседы... Не хотите - не отвечайте, ответят другие.
1. Да, я точно не знаю сколько у меня сайтов на Joomla 2.5! У меня порядка 70 сайтов в портфолио. Какие-то из них на старых Joomlaх.
2. Я не обязан поддерживать сайты всех своих заказчиков! Если мне кто-то за это платит - другое дело. Релиз 2.5.28 был 10 декабря 2014. Это менее 1,5 лет
3. Я описал все что сделал. И задал вопрос тут только потому, что с подобной проблем никогда не встречался. На данном форуме похожих тем не нашел, в яндексе тоже.
Ребята, я впервые пишу в данной ветке, хотя работаю с этой csm еще со времен Мамбы. Написал только потому, что и вправду впервые вижу такое. Спасибо тем кто пытался помочь действительно дельными советами. Два последних оратора мне напомнили "специалистов" из сообщества Друпала. Там все из себя строят профессиональных программистов в 5 поколении, и получить какую-то реальную помощь от них просто не реально... А когда начинаешь с ними работать, то понимаешь, что это просто малограмотные самоучки, упертые и не способные решать серьезные задачи. Очень жаль, если подобная тенденция добралась и до Joomla...
К слову, проблему решить так и не удалось... Пытаюсь разобраться, и согласовать с заказчиком стоимость обновления движка. К сожалению, заказчик выделять средства не планирует, т.к. на фронтэнде сайта никаких проблем не наблюдает, и все мои объяснения пропускает мимо ушей ))) Дадада, бывают и такие. В связи с этим, решаю проблему с вялым энтузиазмом.
Если кто-то может помочь советом - буду рад. Уважаемых winstrool и SeBun прошу не напрягаться, и проходить мимо данной темы. Спасибо.