Удалось-таки побороть кодировку на хостинге, поправил файл .my.cnf
Для всех кто не может (не хочет) ждать появления модуля с настройками по фильтрации id разделов, предлагаю простое решение.
Открываете файл helper.php, и заменяете везде $exclude_boards = null на $exclude_boards = array(1,2,3,4,5), где 1,2,3,4,5 - это id ваших категорий, которые не нужно выводить на сайт. Это работающий вариант.
Либо наоборот, заменить $include_boards = null на $include_boards = array(1,2,3,4,5), где 1,2,3,4,5 - это id ваших категорий, которые только и нужно выводить на сайт. Этот вариант я не проверял, но вроде бы должен работать.