Предыстория: долго не переходил на тройку из-за ужасного (имхо) шаблона админки. Но раз технологии требуют пришлось. В последней версии движка 3.6.2 идет все тот же старый шаблон ISIS админки. Мне же хотелось что-то приближенное к админке 2.5. В итоге набрел на версию шаблона ISIS 3
https://github.com/asika32764/joomla-bootstrap3-isis-template и от нее начал плясать. Там и версия бустрапа вроде поновее, интерфейс поинтереснее в плане кнопочек\элементов, более строгий вид что-ли.
Что изменено:
1 - верхнее меню открывается по ховеру а не клику (самое идиотское что только можно было придумать, и так тыща кликов в админке а тут еще добавляются)
2 - элементы панели
toolbar выровнял по правому краю (как было в 2.5) и уменьшил их по ширине, слишком они огромные были. Теперь 2 ряда: иконка и ниже текст.
3 - блок
sidebar вынес выше таблицы
4 - в таблице материалов добавил колонку "категория" по которой работает сортировка (убрал название категории из ячейки заголовка материала).
5 - в таблице материалов теперь таблица в всю ширину страницы за счет п.2.
6 - в таблице материалов колонку "состояние" перенес правее заголовка (как было в 2.5), бо главное это заголовок а не состояние.
Были и еще пара не очень значительных мелочей. Немного поехала совсем мобильная верстка (для 500 по ширине), но мне не актуально.

В принципе весь шаблон обновленный можно и не давать, изменения в одном JS файле, в стилях и добавлен шаблон вывода com_content. На уровне template.css вообще глубоко в структуру верстки не вникал, просто переопределил нужные мне стили.
Но на всякий случай приложу весь ISIS 3 с моими изменениями. Установщик не делал и не проверял, так что лучше поставить оригинальный ISIS3 по ссылке выше с гитхаба и накатить обновление.
Предлагаю собрать еще решения по кастомизации шаблона админки. Мне кажется, что в таком виде уже в разы удобнее и больше информации находится на экране.
В планах изменение шаблона вывода редактирования материала\модуля\меню. На мой взгляд там крайне ненаглядная подача информации, отсутствие контраста между вкладками\содержимым.